zu 1: Das Popover wird ja relative zum übergebenem NSRect angezeigt. Wenn Du dabei natürlich die kompletten Bounds des SegmentedControl übergibst, dann wird es natürlich in der Mitte davon angezeigt.

zu 2: Hängt die Anzeige der Scrollbars nicht von der Einstellung in den Systemeinstellungen von macOS ab?