UINavigationController: Custom Push Animation

Eigentlich tauschst Du ja nicht den Viewcontroller aus sondern deren Inhalte; deswegen ist auch das Problem so kniffelig zu lösen. Es gibt mehrere mögliche Optionen:

1. Vielleicht kannst Du ja das Projekt so umstellen, das tatsächlich nur ein Viewcontroller die Views verwaltet. Der kann dann mit ganz normalen Animationen seine Views austauschen.
   
2. Mit iOS 5.0 hat Apple eine offizielle Schnittstelle für Transitionen zwischen Viewcontrollern eingeführt. Ob das allerdings mit Navigationcontrollern unktioniert, weiß ich nicht. Vielleicht kannst Du ja auch auf den Navigationstack verzichten: developer.apple.com/library/io…ns:animations:completion:
   
3. Du kannst die Wechsel auch so gestalten, dass jeweils der Viewcontroller die Views wie gewünscht austauscht, und der Navigationcontroller am Ende der Navigation die Viewcontroller ohne Animation vom oder auf den Stack schiebt. Das dürfte die meiste Arbeit machen, aber sollte relativ sicher auch funktionieren.
   

Kannst ja mal ausprobieren, was der Navigationcontroller für einen Hintergrund zeigt, wenn der View des oberen Viewcontrollers transparent ist. Dann sollte es ungefähr so gehen, wie Du es beschreibst.