Schade, dass du als Entwickler natürlich absolut keine Möglichkeit hast zu sehen, was XCode denn während dieser Zeit macht, in dem du etwa mit der "CPU Sampler"-Funktion von Instruments nachsiehst, wo das Programm hängt.

Ansonsten würde ich einfach mal mit meiner frisch polierten Glaskugel raten, dass XCode wegen I/O-Quatsch hängt. Eventuell hat deine Festplatte gerade ein paar defekte Sektoren oder ähnliche Probleme (Fragmentiert, Dateisystem beschädigt, ...) . Ich würde mal mit irgendeinem Tool (SuperDuper ist etwa umsonst, Disk Utility ist schon mit dabei) ein Backup der Platte erstellen, die Platte einmal mit Nullen überschreiben ( etwa echtes Formatieren mit Disk Utility oder einfach mal /dev/nul auf die Platte "cat"-ten.) und dann das Backup zurückspielen. Vermutlich ist das Problem dann weg. Sonst kannst du auch mal schauen, ob etwa ein Festplattencheckprogramm (wie etwa der Shareware SMART Utility, Disk Utility kann aber auch ein bisschen was) irgendwelche Fehler findet, wenn du mal einen Scan der Platte machst.